Uğur Cem Yıldız

MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK

LMU Klinikum Münih'te kardiyovasküler araştırma grubunda gerçekleştirdiği uluslararası araştırma stajı kapsamında protein ve RNA düzeyinde analizler yürütmüş, uygulamalı ıslak laboratuvar deneyimine sahip son sınıf Moleküler Biyoloji ve Genetik öğrencisi. Temel moleküler biyoloji tekniklerine (protein izolasyonu, Western blot, RNA izolasyonu, qPCR, immünofloresan) hakim olup, iki lisans mezuniyet tezi aracılığıyla yapı tabanlı ilaç tasarımı ve kanser biyoinformatiği alanlarında hesaplamalı araştırma yetkinliği kazanmıştır. Moleküler biyoloji veya biyomedikal araştırma ortamında deneysel becerilerini derinleştirecek bir laboratuvar stajı veya araştırmacı pozisyonu hedeflemektedir.

İletişime Geç Araştırma Projeleri Özgeçmişi İncele

Odak Alanları & Temel Yetkinlikler01 / ŞEMA

01Moleküler & Islak Laboratuvar

Western blot, qPCR, immünofloresan boyama ve hücresel deneyleri kapsayan temel laboratuvar teknikleri.

02Hesaplamalı İlaç Tasarımı

Moleküler kenetlenme (AutoDock Vina), ADME/toksisite profillemesi ve reseptör tümleyiciliği analizi.

03Kanser Biyoinformatiği

TCGA/GTEx diferansiyel gen ekspresyonu, klinik sağkalım eğrileri ve immün infiltrasyon analizleri.

Hakkımda

Uygulamalı ıslak laboratuvar moleküler tekniklerini, hesaplamalı yapısal biyoloji ve kanser biyoinformatiği ile harmanlayan araştırma profili.

Akademik Lisans & Önlisans Programları

Moleküler Biyoloji ve Genetik LisansıEyl 2021 – 2027 (beklenen)

İnönü Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Malatya, Türkiye · GNO: 3.33 / 4.00

Hesaplamalı yapısal biyoloji ve kanser biyoinformatiği alanlarında iki ayrı lisans mezuniyet tezi tamamlandı.

Bilgisayar Programcılığı Önlisansı2025 – 2027 (beklenen)

Anadolu Üniversitesi, Açıköğretim Fakültesi, Eskişehir, Türkiye · GNO: 3.26 / 4.00

Programlama ve hesaplamalı temelleri güçlendirmek amacıyla lisans eğitimiyle eş zamanlı sürdürülmektedir; ilk yıl tamamlandı.

DillerTürkçe (Ana dil) · İngilizce (Profesyonel çalışma yetkinliği, B2)

KonumÇekmeköy / İstanbul, Türkiye

İlgi AlanlarıKodlama & Algoritmalar, Kitap okuma, Mutfak & Yemek yapma, Bisiklet sürme, Müzik, Seyahat

Deneyim

Uluslararası bir araştırma kliniğinde kardiyovasküler patofizyoloji ve moleküler biyoloji protokolleri üzerine yürütülen laboratuvar stajı.

LMU Klinikum, Kardiyovasküler Önleme Enstitüsü (IPEK)

Münih, Almanya

Tem 2025 – Eyl 2025

Erasmus+ Araştırma Stajyeri

CXCR4 geninin shRNA aracılı susturulması (knockdown):

Protein düzeyindeki analizler için protein ekstraksiyonu, BCA protein tayini ve Western blot uygulamaları gerçekleştirildi.
RNA izolasyonu, revers transkripsiyon ve kantitatif PCR (qPCR) ile immünofloresan (IF) boyama çalışmaları yürütüldü.
Yeni nesil dizileme (NGS) veri setleri dahil olmak üzere gen ekspresyon verileri analiz edildi.

Araştırmalar

Yapı tabanlı bilgisayar destekli ilaç tasarımı ve pan-kanser transkriptomik biyoinformatik analizlerini kapsayan iki tamamlanmış lisans mezuniyet tezi.

TEZ 01İnönü Üniversitesi · Danışman: Dr. Seçil Demiral

Özgün CXCR4 Antagonistleri Olarak Amentoflavon Türevlerinin Yapı Tabanlı Tasarımı ve Hesaplamalı Değerlendirilmesi

İnsan CXCR4 kristal yapısı (PDB ID: 3ODU) hedeflenerek, yapı tabanlı akılcı ilaç tasarımı iş akışıyla beş özgün amentoflavon türevi modellendi.
AutoDock Vina ile moleküler kenetlenme gerçekleştirildi; Floro-Deoksi-Amentoflavon en umut vadeden aday (−11.9 kcal/mol) olarak FDA onaylı antagonist Plerixafor'dan (−9.4 kcal/mol) daha üstün bağlanma enerjisi sergiledi.
SwissADME ile ADME / ilaç benzerliği ve ProTox-II ile in siliko toksisite profilleri tahmin edildi; BIOVIA Discovery Studio ile ligand–reseptör etkileşimleri analiz edildi.
Seçici deoksijenasyonun, farmakofor açısından kritik Tyr55 amino asidi ile kurduğu yönlendirilmiş hidrojen bağı sayesinde reseptör uyumluluğunu artıran kilit mekanizma olduğu ortaya kondu.

Lisans Mezuniyet TeziDetaylı Tez Çalışmasını İncele

TEZ 02İnönü Üniversitesi · Danışman: Dr. Samet Kocabay

CXCR4 Kemokin Reseptörünün Kanser Progresyonu ve Metastazındaki Rolünün Biyoinformatik Olarak İncelenmesi: Ekspresyon, Prognoz ve İmmün İnfiltrasyon

Meme (BRCA), akciğer (LUAD) ve kolorektal (COAD/READ) kanserlerde TCGA verileri kullanılarak CXCR4 ekspresyonu, genomik değişimleri, klinik prognozu ve immün infiltrasyonu incelendi.
Diferansiyel ekspresyon (GEPIA2), genomik değişimler (cBioPortal), sağkalım eğrileri (Kaplan–Meier Plotter), immün infiltrasyon (TIMER2.0) ve protein–protein etkileşim ağları (STRING) analiz edildi.
Bağlama duyarlı bir prognostik rol tespit edildi: LUAD'da yüksek CXCR4 ekspresyonu, artmış CD8+ T-hücre infiltrasyonu ile ilişkili olarak daha uzun sağkalım ile korele bulundu (p = 0.007).

Lisans Mezuniyet TeziDetaylı Tez Çalışmasını İncele