Araştırma ve yazılımUğur Cem Yıldız
Moleküler biyoloji alanında çalışıyor, hesaplamalı yöntemler kullanıyor ve yazılım geliştiriyorum.
LMU Klinikum’da laboratuvar deneyimi kazandım; CXCR4 üzerine iki lisans tezi tamamladım. Yaşam bilimlerinde araştırma fırsatları arıyor ve kendi yazılım projelerimi geliştiriyorum.
- LMU araştırma stajı
- İki CXCR4 lisans tezi
- CareerOS prototipi
Seçilmiş çalışmalar
İki tezimde de CXCR4 üzerine çalıştım. Birinde moleküllerin reseptöre nasıl bağlanabileceğini, diğerinde kanser verilerindeki ekspresyon ve sağkalım ilişkilerini inceledim.
Lisans tezi · Hesaplamalı ilaç tasarımıAmentoflavon türevleri deneysel değerlendirme için nasıl önceliklendirilebilir?
- Katkım
- Beş türev tasarladım; kenetlenme, ADME ve toksisite tahminlerini birlikte değerlendirdim.
- Temel bulgu
- Floro-Deoksi ve Deoksi aynı docking skorunu aldı (−11.9 kcal/mol). Floro-Deoksi’yi ileri değerlendirme için önceliklendirdim.
Hesaplamalı tahmin; deneysel etkinlik kanıtı değil.
Çalışmayı incele → 
Lisans tezi · Kanser biyoinformatiğiCXCR4 ekspresyonunun sağkalımla ilişkisi dokular arasında değişiyor mu?
- Katkım
- Kamuya açık kanser verilerinde ekspresyon, genomik değişimler, sağkalım ve immün infiltrasyonu inceledim.
- Temel bulgu
- LUAD’da yüksek CXCR4 daha uzun sağkalımla ilişkiliydi (p = 0.007). BRCA ve READ’da ilişki anlamlı değildi.
Gözlemsel ilişki; nedensellik göstermez.
Çalışmayı incele → 
Yazılım · Kişisel prototipCareerOS’u yaşam bilimleri alanında iş ararken geliştirdim. İlanları değerlendirmek ve başvuru hazırlamak için kullandığım kişisel bir prototip. Kaynak kodunu ve kurgu verilerle çalışan yerel demoyu paylaşıyorum.
Python · Streamlit · Yerel demo
LMU araştırma deneyimi
Stajda protein ve RNA analizleri yaptım, gen ekspresyon verileriyle çalıştım.
Temmuz–Eylül 2025’te LMU Klinikum, IPEK’te Erasmus+ araştırma stajı yaptım. CXCR4’ün shRNA ile susturulduğu deneysel modelde protein ve RNA analizleri üzerinde çalıştım.
- Protein
- Protein ekstraksiyonu, BCA testi ve Western blot.
- RNA
- RNA izolasyonu, cDNA sentezi ve qPCR.
- Görüntüleme ve veri
- İmmünofloresan boyama; NGS veri setleri dahil gen ekspresyon analizi.
Hakkımda ve eğitim
İnönü Üniversitesi’nde Moleküler Biyoloji ve Genetik, Anadolu Üniversitesi’nde Bilgisayar Programcılığı okuyorum. Laboratuvar becerilerimi hesaplamalı yöntemler ve yazılımla bir araya getiriyorum.
Moleküler Biyoloji ve Genetik · Lisans
İnönü Üniversitesi
Eyl 2021 – 2027 (beklenen) · GNO 3.33 / 4.00
Bilgisayar Programcılığı · Önlisans
Anadolu Üniversitesi
2025 – 2027 (beklenen) · GNO 3.26 / 4.00
Sertifikalar: Biyoinformatik Veri Analizi: Python, Linux & R (Super.AI) · Kanser Biyolojisi 101 (Udemy) · Evrim Teorisi 101 (Evrim Ağacı)
Türkçe (ana dil) · İngilizce (B2) · İstanbul, Türkiye
Kullandığım yöntemler ve araçlar
Laboratuvarda ve araştırmalarımda kullandığım yöntemler, öğrenmeye devam ettiğim programlama araçları.
LMU Klinikum · Erasmus+ stajıLaboratuvarda uyguladım
Protein ekstraksiyonu, BCA, Western blot, RNA izolasyonu, cDNA sentezi, qPCR ve immünofloresan.
Deneyimi incele →Diğer laboratuvar teknikleri
DNA/RNA izolasyonu, PCR, agaroz jel elektroforezi, spektrofotometri ve standart eğriler, hemositometre ile hücre sayımı, besiyeri hazırlama ve mitokondri izolasyonu.
Araştırmalarımda kullandım
AutoDock Vina ve AutoDock Tools; Discovery Studio, SwissADME ve ProTox-II. GEPIA2, cBioPortal, Kaplan–Meier Plotter, TIMER2.0 ve STRING.
Araştırmaları incele →Yöntem kapsamı
Moleküler kenetlenme, ADME/toksisite tahmini; kamuya açık verilerde gen ekspresyonu, sağkalım ve immün infiltrasyon analizi. OpenBabel ile yapı dosyaları.
Programlama ve veri
Python ve R; biyoinformatik veri analizi için Linux temelleri. Java’yı temel düzeyde öğreniyorum.
Eğitimimi incele →Yazılım yaklaşımım
Yapay zekâ destekli kodlama araçlarıyla çalışıyorum. Üretilen çıktıları inceleme ve test etme, öğrenme sürecimin bir parçası.